一、隶部门不同
1、交通管理局：隶于北京市公安局。
2、北京市交通委员会运输管理局属：隶属于北京市交通委员会。
二、职责不同
1、北京市交通管理局：路面交通管理；车辆、驾驶员管理；交通安全宣传教育；交通法制管理；交通管理科学研究。
2、北京市交通委员会运输管理局：负责本市交通运输的行业管理工作；负责本市交通运输行业安全生产的监督管理，协助有关部门调查处理交通运输行业的重大安全事故，负责水上安全监督管理；负责重大突发事件中的运输组织和保障工作。
三、建制不同
1、北京市交通管理局：下设22个业务处（所），直辖城八区和房山、通州、昌平等11个交通支队，同时负责7个远郊区县和机场、亦庄、清河等10个交巡支（大）队的道路交通管理业务指导。
2、北京市交通委员会运输管理局：北京市交通委员会下设机构。
交通委实际就是交通局，有些地方叫委，有些地方叫局，但两者还是有所区别的，叫委的一般是当地政府管理更多的组织协调职能，而称局的一般指的是纯交通职能。
北京摇号不归交通局管。北京小客车指标申请工作由北京市小客车指标调控管理办公室负责，北京市小客车指标调控管理办公室是北京市政府办公厅直属正局级事业单位。
北京摇号归北京市交通委。